• Pemodelan Profil Ekspresi gen, metabolit dan Spektral Tanaman Pisang untuk metode Diagnosis BDB. [2024].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc. (Anggota Peneliti) Dr. Ady Bayu Prakoso, S.P.

• Indikator Hubungan Interaksi antar Tanaman Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dan Patogen Ganoderma boninense Penyebab Penyakit Busuk Pangkal Batang Sebagai Metode Seleksi Material Genetik DXP Sriwijaya Moderat Toleran Ganoderma sp.. [2022].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Prof. Ani Widiastuti, S.P., M.P., Ph.D. (Anggota Peneliti) Widhi Dyah Sawitri, S.Si., M.Agr., Ph.D. (Anggota Peneliti) Dr. Ir. Arif Wibowo, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Imam Bagus Nugroho, S.Si., M.Sc.

• MANAJEMEN KESEHATAN BUDIDAYA PISANG UNTUK PENINGKATAN PRODUKSI: REKAYASA MIKROBIOMIK, SELEKSI DAN INDUKSI MARKA GENETIK KOLEKSI KULTIVAR DAN PENERAPAN TEKNOLOGI 4.0 DI PT. GREAT GIANT PINEAPPLE. [2021].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Widhi Dyah Sawitri, S.Si., M.Agr., Ph.D. (Anggota Peneliti) IMAM BAGUS NUGROHO (Anggota Peneliti) Prof. Drs. Agus Harjoko, M.Sc., Ph.D. (Anggota Peneliti) Alan Soffan, S.P., M.Sc., Ph.D. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc. (Anggota Peneliti) Dr. Ir. Arif Wibowo, M.Agr.Sc.

• Monitoring Organisme Pengganggu Tanaman (OPT) dan Dinamika Pertanaman dalam Ekosistem Lahan Surjan. [2021].
  (Ketua Peneliti) Prof. Ani Widiastuti, S.P., M.P., Ph.D. (Anggota Peneliti) Alan Soffan, S.P., M.Sc., Ph.D. (Anggota Peneliti) Dr. Ir. Nugroho Susetya Putra, M.Si. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Ir. Y. Andi Trisyono, M.Sc. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Ir. Triwidodo Arwiyanto, M.Sc.

• Monitoring Antimicrobial Resistance In Agroecosystem (MAMRA). [2021].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. drh. Wayan Tunas Artama (Anggota Peneliti) Mgs. Muhammad Prima Putra, S.Pi., M.Sc., Ph.D. (Anggota Peneliti) Widhi Dyah Sawitri, S.Si., M.Agr., Ph.D.

• Crop health and nutrient management of shallot-chilli-rice cropping systems in coastal Indonesia. [2021].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Prof. Ani Widiastuti, S.P., M.P., Ph.D. (Anggota Peneliti) Dr. Ir. Endang Sulistyaningsih, M.Sc. (Anggota Peneliti) Dr. Ir. Arif Wibowo, M.Agr.Sc.

• ANALISIS TRANSKRIPTOMIK INTERAKSI MOLEKULER ANTARA TANAMAN INANG DENGAN PATOGEN PENYEBAB PENYAKIT DARAH PISANG RALSTONIA SYZYGII SUBP. CELEBESENSIS UNTUK MENDUKUNG PENGENDALIANNYA SECARA TERPADU (IPM). [2021].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Widhi Dyah Sawitri, S.Si., M.Agr., Ph.D. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc.

• Karakterisasi Protein Toksin Serralysin Terkait Patogenesis Candidatus Liberibacter asiaticus Penyebab Penyakit Huanglongbing Jeruk. [2020].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Yekti Asih Purwestri, S.Si., M.Si. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc. (Anggota Peneliti) Alan Soffan, S.P., M.Sc., Ph.D. (Anggota Peneliti) Widhi Dyah Sawitri, S.Si., M.Agr., Ph.D.

• Identifikasi Molekuler Phytoplasma Penyebab Penyakit Baru pada Pisang Sebagai Upaya Pengendalian Bakteri Patogen di Tanaman Buah Tropis Indonesia. [2020].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) NUR FATHURAHMAN R (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc.

• Analisis ekspresi gen "Heat Shock Protein" (hsp) pada Pentalonia negronervosa yang virulivirous dan no virulivirous vektor penular Banana Bunchy Top Virus (BBTV) untuk mendukung pengendaliannya secara terpadu. [2020].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) INDAH NURAINI (Anggota Peneliti) Alan Soffan, S.P., M.Sc., Ph.D.

• Pengembangan Abaka Propagasi Kultur Jaringan Di Kawasan Hutan Dengan Tujuan Khusus (KHDTK) Pendidikan dan Pelatihan UGM Untuk Mendukung Industri Berbasis Serat. [2020].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Dr. Ir. Handojo Hadi Nurjanto, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Dr. rer. silv. Muhammad Ali Imron, S.Hut., M.Sc.

• ANALISIS RESPON TANAMAN PISANG DENGAN INOKULASI BAKTERI ENDOFIT TERHADAP PENYEBAB PENYAKIT DARAH PISANG (RALSTONIA SYZYGII SUBSP. CELEBENSIS) NOMOR 3186/UN1.DITLIT/DIT-LIT/PT/2020. [2020].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) ADY BAYU PRAKOSO (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc.

• Karakterisasi Molekuler Phytoplasma yang Berasosiasi dengan Penyakit Layu Pisang Berbasis Multi Locus Sequence Typing. [2020].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.

• Pengelolaan OPT Ramah Lingkungan Dalam Produksi Benih Bawang Putih Lokal Untuk Mendukung Program Nasional Swasembada Bawang Putih. [2020].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siwi Indarti, M.P. (Anggota Peneliti) Dr. Ir. Sedyo Hartono, M.P. (Anggota Peneliti) Dr. Suputa, S.P., M.P. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Dr. Ir. Arif Wibowo, M.Agr.Sc.

• Identifikasi Beberapa Bakteri patogen Penyebab Penyakit Kangker Pada tanaman Jeruk (Xantomonas axonopodis) Di Indonesia. [2020].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.

• Rubber Omics: Ecophysiology and Metabolomics analyses of Latex Production in a Context of Climate Change. [2019].
  (Ketua Peneliti) Dr. Tri Rini Nuringtyas, S.Si., M.Sc. (Anggota Peneliti) Dr. Eka Tarwaca Susila P., S.P., M.P. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.

• Inhibitory Effect of Honey on the Virulence of Bacterial Soft Rot and Transcriptomic Analysis of the PathogenicityAssociated Genes. [2019].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc. (Anggota Peneliti) Muhammad Saifur Rohman, S.P., M.Si., M.Eng, Ph.D. (Anggota Peneliti) Naoto Ogawa (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.

• Aplikasi Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) Untuk Menekan Penyakit Moler Pada Bawang Merah Di Lapangan Di Luar Musim Tanam (Off session). [2018].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) Dr. Ir. Arif Wibowo, M.Agr.Sc.

• Evolutionary analysis of the highly conserved insect odorant coreceptor (Orco) gene revealed a positive selection mode, implying the functional flexibility. [2017].
  (Ketua Peneliti) Alan Soffan, S.P., M.Sc., Ph.D. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.

• Pengendalian Penyakit Busuk Buah Kakao Dengan Bakteri Filoplane Sebagai Salah Satu Komponen Pengelolaan Hama Penyakit Terpadu. [2017].
  (Ketua Peneliti) Dr. Ir. Arif Wibowo, M.Agr.Sc. (Anggota Peneliti) MASANTO (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.

• Pengembangan Penanda Genetik Untuk Jeruk Dan Kerabatnya Terkait Ketahanan Terhadap Penyakit Huanglongbing. [2013].
  (Ketua Peneliti) Dr. Panjisakti Basunanda, S.P., M.P. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.