• Biomonitoring Aktif Ekosistem Sungai Winongo, Daerah Istimewa Yogyakarta: Respons Metabolomik, Akumulasi Mikroplastik dan Logam pada Kerang, dan Integrated Biomarker Response. [2024].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Penyusunan Rencana Induk Satuan Ruang Strategis Pantai Selatan Gunung Kidul. [2020].
  (Ketua Peneliti) Ir Gunung Radjiman, M.Sc (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Suratman, M.Sc. (Anggota Peneliti) Dr. Dra. Niken Wirasanti, M.Si. (Anggota Peneliti) Suwardo, S.T., M.T., Ph.D. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si. (Anggota Peneliti) Surani Hasanati, S.Si., M.Sc.

• Biokumulasi dan biosorpsi Tembaga (Cu) oleh Chorella pyremoidosa H. Chick. [2018].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Respon Biomarker pada Chlorella pyrenoidosa H.Chick. terhadap Campuran Cu dan Cd untuk Pengembangan Biosensor Pencemaran Logam di Ekosistem Akuatik. [2018].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si. (Anggota Peneliti) Sari Darmasiwi, S.Si., M.Biotech., Ph.D. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Niken Satuti Nur Handayani, M.Sc.

• Efek Pb dan Cr terhadap Chlorela pyrenoidosa H.Chick: Akumulasi Intraselular, Laju Penyerapan, Biomassa, dan Kandungan Klorofil. [2017].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Efek Campuran Cu dan Cd Chlorella pyrenoidosa H.Chick :Laju Penyerapan dan Akumulasi Intraselular Cu dan Cd. [2016].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Respon biomarker pada Chlorella zofingiensis Dönz. terhadap campuran Cu dan Cd: Akumulasi subselular, kandungan fitokhelatin dan metallothionein, aktivitas enzim antioksidatif, dan kerusakan DNA. [2016].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Niken Satuti Nur Handayani, M.Sc.

• Karakterisasi Ekofisiologis Berbagai Jenis Pohon Yang Berpotensi Untuk Konservasi Air Tanah. [2016].
  (Ketua Peneliti) Dr. Retno Peni Sancayaningsih, M.Sc. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Purnomo, M.S. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. Diah Rachmawati, S.Si., M.Si. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Efek Campuran Cu dan Cd Chlorella Pyrenoidosa H.Chick:Laju Penyerapan dan Akumulasi Intraselular Cu dan Cd. [2016].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Efek Campuran Cu dan Cd pada Chlorella zofingiensis. [2015].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Biomonitoring di Sungai Sangon, Kulonprogo, DIY : Kandungan merkuri pada makroinvertebrata benthik. [2014].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Kajian Ekologis Populasi katak pohon Jawa (Rhacophorus margaritifer) di Taman Nasional Gunung Merapi, Yogyakarta. [2014].
  (Ketua Peneliti) Siti Nurleily Marliana, S.Si., M.Sc., Ph.D. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Efek kejenuhan karbondioksida (C02) terhadap laju pertumbuhan dan biomassa Spirulina platensis dalam fotobioreaktor. [2006].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si. (Anggota Peneliti) Dr. Eko Agus Suyono, S.Si., M.App.Sc.

• Toksikokinetik krom (VI) pada Cyprinus carpio dalam model lingkungan perairan statik. [2004].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.

• Bakteri Pengikat Krom pada Proses Penanganan Limbah Pabrik Penyamakan Kulit Secara Aerobik. [1999].
  (Ketua Peneliti) Prof. Dr. Endah Retnaningrum, S.Si., M.Eng. (Anggota Peneliti) Prof. Dr. rer. nat. Andhika Puspito Nugroho, S.Si., M.Si.