Memulai karirnya sebagai asisten ahli di Jurusan Fitopatologi Fakultas Pertanian UGM dengan SK Mendikbud untuk membidangi Ilmu Penyakit Tumbuhan sejak Maret 1983 hingga mencapai jabatan Guru Besar pada 1 Mei 2007. Membidangi Ilmu Penyakit Tumbuhan khususnya Ilmu Penyakit Tumbuhan Molekuler untuk identifikasi patogen dan analisis interaksi antara patogen dan tanaman inangnya, Untuk pengendalian penyakit tanaman membidangi pengendalian penyakit tanaman secara terpadu khususnya pada penyakit-penyakit tanaman karena bakteri patogen tumbuhan. Kesungguhannya bekerja keras dengan latar belakang pendidikan dan bidang penelitiannya Siti Subandiyah dipercaya untuk berkontribusi dalam berbagai kerjasama penelitian tingkat nasional maupunĀ internasional, antara lain ABSP-USAID I, ACIAR HORT 2000/043. ACIAR HORT 2005/034. ACIAR HORT 2008/040. KNAW-SPIN JR034, ACIAR HORT 2009/056, Bill & Melinda Gates Foundation BMGF OPP 1130226, ACIAR SLaM 2018/145, CIRAD 1803-004, Australian Plant Bio Security Science Foundation. Keterlibatannya dalam kerjasama penelitian internasional dan pendidikan melalui student and scientist mobility, Siti Subandiyah mendapat jabatan sebagai Visiting Professor di Shizuoka University sejak 2010, sebagai Guest Professor di UGSAS-Gifu University sejak 2012, dan sebagai Honorary Professor di The University of Queensland sejak 2019. Kontribusinya terhadap IPTEK secara umum di bidang Pertanian, Siti Subandiyah pernah mendapatkan penghargaan internasional sebagai peneliti dalam bidang Food Security di negara yang sedang berkembang, Derek Tribe Award 2011 dari Crawford Fund, Australia selanjutnya meraih penghargaan Adikarya Pangan Nusantara 2013 dari Presiden RI sebagai peneliti bidang Pertanian, dan meraih penghargaan sebagai Academic Leader di bidang Pertanian dari Kementrian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi tahun 2019.