| Abstrak/Abstract |
Ikan-ikan mudskipper (Periophthalmus spp.) memiliki kemiripan morfologi yang tinggi sehingga sering salah dalam penamaan spesiesnya dan hal ini akan berdampak pada usaha konservasi maupun pemuliaan ikan-ikan mudskipper. Penelitian tentang identifikasi ikan mudskipper di Indonesia termasuk di Yogyakarta masih sangat jarang dilakukan. Oleh karena itu tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi spesies ikan mudskipper (Periophthalmus spp.) yang terdapat di Muara Bogowonto, Pantai Congot, Yogyakarta menggunakan gen mitokondria COI sebagai DNA barcoding. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode PCR. Identifikasi genetik spesies ikan mudskipper (Periophthalmus spp.) dilakukan dalam beberapa tahap, yaitu sampling koleksi sampel, isolasi DNA, amplifikasi gen mitokondria COI, elektroforesis, dan sekuensing serta rekonstruksi pohon filogeni. Hasil sekuen yang diperoleh selanjutnya dianalisis menggunakan program BLAST, Mesquite, MEGA, dan DnaSP untuk mengetahui identitas spesies ikan mudskipper yang diteliti dan juga variasi genetik intraspesies dan hubungan kekerabatan interspesies. Hasil penelitian menunjukkan bahwa panjang fragmen gen mitokondria COI sampel-sampel yang diteliti adalah 522 bp. Berdasarkan analisis sekuen gen mitokondria COI yang diperoleh terdapat dua macam spesies ikan mudskipper yaitu 3 sampel merupakan Periophthalmus argentilineatus dan 2 sampel adalah Periophthalmus kalolo. Hasil analisis juga menunjukkan bahwa 3 sampel ikan Periophthalmus argentilineatus yang diteliti memiliki 3 haplotipe dengan 6 situs polimorfik. Nilai keragaman haplotype (haplotype diversity) pada P.argentilineatus yang diteliti adalah 1,00 dan nilai keragaman nukleotida (nucleotide diversity) adalah 0,0077. Jarak genetik pada P. argentilineatus yang diteliti berkisar antara 0,2-1,2%. Rekonstruksi pohon filogeni menunjukkan bahwa P. argentilineatus dari Muara Bogowonto berada pada clade yang sama dengan P. argentilineatus dari Pandeglang (Jawa Barat) tetapi secara genetik terpisah dengan P. argentilineatus dari Jembrana (Bali) dan Cina yang datanya diperoleh dari GenBank. Selanjutnya dari 2 sampel ikan Periophthalmus kalolo yang diteliti tidak ditemukan adanya situs polimorfik. Namun demikian apabila dibandingkan dengan database dari GenBank, sekuen gen mitokondria COI P. kalolo Muara Bogowonto berbeda dengan sekuen gen COI P. kalolo dari Cilacap dan Tulungagung yaitu berkisar antara 2-10 bp. |
